MTS Muhammadiyah kudus memiliki visi : membentuk siswa/santri yang faqih dalam Ilmu, mulia dalam akhlaq, dan prima dalam prestasi. Dengan Visi tersebut kami berkomitmen memberi pelayanan pengajaran yang optimal kepada para siswa/santri dengan membekali ilmu umum maupun agama yang disampaikan secara detail, menyeluruh, dan komprehensip. sehingga tidak ada dikotomi untuk keduanya. tujuannya agar para siswa/santri dapat memahami secara mendalam (Faqih)  bidang apapun yang telah diajarkan.