Kegiatan Ekstra Badminton merupakan salah satu ekstra yang paling digemari oleh para santriwan dan santriwati Pesantren Muhammadiyah Kudus. Ekstra ini melatih teknik dasar (pukulan dasar, footwork) dan lanjutan (strategi permainan, taktik) secara benar dan efektif. Ekstra ini juga menjadi wadah bagi para santri untuk menyalurkan energi, mengasah konsentrasi, disiplin, dan kerja sama tim, sekaligus menjaga kesehatan tubuh dan meredakan stres. Ekstra ini dilaksanakan setiap hari ahad sore.