Kegiatan Ekstra Paduan Suara Merupakan salah satu ekstra yang ada di Pesantren Muhammadiyah Kudus dan ekstra yang paling digemari bagi para santriwati yang suka bernyanyi. Ekstrakulikuler paduan suara diadakan untuk mengembangkan bakat dan minat para santriwati dalam bernyanyi berkelompok, melatih teknik vokal (pernapasan, intonasi, pengucapan), serta membangun karakter, kerja sama, dan kepercayaan diri. Ekstrakurikuler ini menjadi wadah bagi para santriwati untuk menyalurkan ekspresi diri, meningkatkan kemampuan sosial, dan dapat menjadi sarana pelatihan untuk penampilan di berbagai pentas seni atau acara lain. Tim Paduan Suara Pesantren Muahammadiyah Kudus sendiri kerap ditampilkan pada saat Akhirussannah Santri kelas IV Pesantren Muhammadiyah Kudus.