Pondok Pesantren Muhammadiyah kudus merupakan salah satu pondok pesantren milik persyarikatan Muhammadiyah, yang dikelola  oleh Pimpinan Daerah (PDM) kabupaten Kudus. Pondok pesantren Muhammadiyah Kudus memiliki visi : membentuk santri yang faqih dalam Ilmu, mulia dalam akhlaq, dan prima dalam prestasi. Dengan Visi tersebut, tergambar secara gamblang bahwa Pondok Pesantren Muhammadiyah Kudus berkomitmen untuk memberi pelayanan pengajaran sekaligus pendidikan yang optimal kepada para santri dengan membekali mereka ilmu umum maupun agama yang disampaikan secara berimbang, detail, menyeluruh, dan komprehensip, serta tidak ada dikotomi untuk keduanya. disamping itu, yang tidak kalah penting ialah membekali para santri kemampuan mengamalkan ilmu yang diperoleh dalam bentuk amal nyata. sehingga kegiatan Pesantren diramu sedemikian rupa dengan harapan para santri dapat memahami secara mendalam (Faqih)  bidang apapun yang telah diajarkan, sekaligus pemahaman yang diperoleh dapat dilaksanakan dalam bentuk amal nyata.

Disamping aspek pengajaran dan pendidikan, yang tidak kalah penting adalah aspek Akhlak dan karakter. Aspek yang mampu merubah amal (praktek) yang dijalankan para santri selama di Pesantren terhadap amal yang menjadi kebiasaan mereka sebelumnya. Untuk dapat merubah, Pesantren harus mampu menjadikan amal mereka di Pesantren melekat dalam dirinya sampai menjadi sebuah kebiasaan atau kultur yang tidak mudah berubah dan luntur sekalipun mereka telah berada di luar Pesantren. aspek inilah yang Pesantren maksud dengan Akhlak dan karakter. sehingga menjadi keniscayaan bagi Pondok Pesantren Muhammadiyah kudus untuk menjadikan para santri memiliki ketrampilan akhlak yang mulia sebagai wadah implemantasi dari kedalaman ilmu yang sudah diajarkan dan diamalkan selama di Pesantren. karena Pondok menyadari kedalaman ilmu tanpa di imbangi dengan akhlak akan berpotensi melahirkan manusia yang pintar tetapi tidak bermoral.

Dengan mengkombinasikan dua aspek diatas, diharapkan dalam jangka pendek santri pondok pesantren muhammadiyah kudus akan selalu mengukir prestasi, karena para santri akan siap berkompetisi dengan sepenuh kemampuan,karena sudah terbiasa ditempa. serta bagi santri meraih prestasi adalah implementasi dari Faqih dalam Ilmu dan Mulia dalam akhlaq. dan dalam jangka panjang akan menjadi manusia yang selalu memberi manfaat bagi lingkungan dimanapun mereka tinggal.